Encerrando uma MDF-e
Depois que a mercadoria transportada com um MDF-e chega ao destino final, o manifesto precisa ser encerrado. Enquanto isso não acontece, o documento continua em aberto na SEFAZ e a emissão de novos manifestos da empresa pode ser recusada.
Encerrando um MDF-e emitido no sistema
Seção intitulada “Encerrando um MDF-e emitido no sistema”Abra o MDF-e que está com a situação AUTORIZADO e clique no botão Encerrar. O sistema se comunica com a SEFAZ solicitando o encerramento e, ao concluir, o documento fica com a situação ENCERRADO e o campo de protocolo de encerramento preenchido.

Encerrando um MDF-e emitido em outro sistema
Seção intitulada “Encerrando um MDF-e emitido em outro sistema”Pode ser que o manifesto precise ser encerrado mas não exista no sistema — é o caso de quem emitiu o documento em outro software e ficou com a pendência em aberto.
Clique no botão Opções e escolha Encerrar MDFE não cadastrada.

Na janela que abre, informe a chave de acesso (44 dígitos) e o protocolo de autorização (15 dígitos) do manifesto a ser encerrado.

Clique em Encerrar e o sistema faz o encerramento junto à SEFAZ.
Se você não tiver a chave e o protocolo em mãos, consulte o serviço Consulta Não Encerrados no portal do MDF-e, informando o CNPJ do emitente. Há um link para o portal na própria janela de encerramento.
Rejeições causadas por manifesto não encerrado
Seção intitulada “Rejeições causadas por manifesto não encerrado”Quando a SEFAZ recusa a emissão de um novo MDF-e por causa de um manifesto anterior em aberto, a solução é encerrar o documento que está travando — mesmo que ele tenha sido emitido em outro sistema.
Rejeição 611 — Existe MDF-e não encerrado para esta placa, tipo de emitente e UF de descarregamento. Acontece quando já existe um manifesto autorizado e ainda aberto para a mesma placa, o mesmo tipo de emitente e a mesma UF de descarga. A própria mensagem da SEFAZ devolve a chave de acesso do manifesto que está bloqueando.
Rejeição 686 — Existe MDF-e não encerrado há mais de 30 dias para o emitente. Acontece quando a empresa deixou manifestos em aberto por mais de 30 dias.
Nos dois casos o caminho é o mesmo: encerre o manifesto apontado pela SEFAZ e emita o novo documento em seguida.